1.计价依据不同
虽然10版概算和13版清单都采用了量价分离的方式计价，但其采用的计价依据各不相同。概算以初步设计图纸或扩初图纸为基准进行工程计量，清单主要依据审图通过的施工图纸来计算工程量，部分项目因实际需要经有关部门同意可按扩初图纸计量。概算的取费依据是以政府或相关主管部门定期发布的文件为准，而清单除了强制性条文规定外，其取费主要由投标方参考相关指导性文件，并结合自身实际管理水平所决定的。
2.费用不同
概算和清单均有费用表，但计取的内容、基数和费率各不相同。房建工程概算各专业均有固定的费用表，除主管部门另行发布调整外，表中所计取的内容和费率基本固定。但清单除规费和税金外，措施费、其他费的计取内容和费率会因项目施工的实际情况和甲乙双方的实际需求予以调整。如：模板，概算在直接费中套用相应定额。清单则可根据招标人需要在措施费中单列或在砼的综合单价中考虑。
另因图纸深度不足，概算在费用表中还设有以直接费为基数和不大于6%费率计取的零星工程费，清单则没有相关对应费用。概算的计费基数是由工料机组成的直接费，而清单的计费基数是由综合单价组成的分部分项合计或人工费合计。
3.单价综合程度不同
概算定额和工程量清单均是综合单价，但组成内容并不相同，使单价的综合程度也各不相同。概算定额子项仅包含工料机，未考虑管理费和利润，但其综合的施工工序多于清单子项。如：砼框架柱，概算定额中已综合了粉刷，清单则需另外计算粉刷的分项造价，且计取的损耗率各不相同。
虽然，概算的综合程度较高，但无法充分考虑施工顺序和场地条件等增加的施工工序，如楼板墙体的开洞开槽等。另各细目缺漏的补充方式也不相同。概算通常借用类似定额编制，清单则能通过增加补充项目及编码自行补充。
4.工料机价袼来源不同
因概算消耗量通常高于清单消耗量的关系，概算的工料机单价通常低于清单。概算主材单价以主管部门定期发布的信息价计取，其基本符合编制时的市场水平。但辅材通常较为固定，长期维持在首次发布的水平区间内。而清单工料单价的取定较为灵活。
除了参考市场信息价外，还能根据施工方实际聘用和采购情况进行单价调整。如：模板、脚手架和大型机械，除可用摊销单价计费外，还可按实际租赁费用折算计取。
5.量价风险不同
概算和清单因编制阶段不同，形成了不同的量价风险。概算的量价风险基本由编制人承担，编审人员需充分评估初设图纸的完整性和设计深度，已知或预知的规范政策调整，结合以往的经验评估现有市场的供应形式，来规避可预计的增量、漏项和涨价等风险。清单的量价风险则是按一定比例由甲乙双方共同承担，分摊方式可通过合同或招标约定。
同时，又可通过招标答疑、图纸会审和设计变更等方式来规避调整风险。而对无法预计的涨价风险，这两种计价的差异也较为明显。概算定额无法考虑该风险的发生和计费方式。一般，仅在总概算表中按规定的基数和比例计列涨价或价差预备费。但因评审现状，大部分政府投资项目实际未独立计取该费用，如实际发生则需在子项计价或预备费中分摊消化。但清单可通过提前约定的替代方案或双方承担的风险区间和方式来降低分摊风险。
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